O pedido de inspeção foi motivado por informações encaminhadas pelo Ministério da Educação, que recebeu denúncia relacionando suspeitas de irregularidades na utilização dos recursos do Fundeb. De acordo com o processo, há indícios de que não houve a prestação de contas da verba federal recebida em 2009, no valor de R$ 4.739.328,46, e em 2010, no valor de R$ 5.434.741,95.