Flávia foi assassinada em casa, no Bairro Planalto Ayrton Senna, onde vivia com o suspeito. O corpo dela foi encontrado três dias após o crime, no domingo (18), em avançado estado de decomposição. Familiares e vizinhos desconfiaram do sumiço da travesti e do mau cheiro que vinha da residência, onde ela também mantinha um salão de beleza. Flávia e o assassino tinham um relacionamento há seis meses.

Desde o dia do crime, Francisco das Chagas estava escondido na casa de um amigo, a duas ruas da residência onde vivia com Flávia.

À polícia, o suspeito confessou o crime e disse estar sob efeito de álcool e cocaína. De acordo com a versão dele, Flávia chegou no bar onde ele bebia com amigos e iniciou uma discussão. Os dois foram pra casa e continuaram a briga. Ele alega que Flávia foi quem pegou a faca e tentou feri-lo, e que ele agiu em legítima defesa. Ao todo, foram onze golpes contra a travesti. A polícia destaca que há ferimentos nos braços da vítima indicando que ela tentou se proteger dos golpes.